1、扫描隧道显微镜具有原子级的高分辨率，STM在平行于样品表面方向上的分辨率分别可以达到0.1nm和0.01nm，也就是能够分辨出单个原子。
    2、扫描隧道显微镜能够实时的获得样品表面的三维图像，可以用于具有周期性或者不具备周期性的表面结构的研究，这种能够实时的观测性能可以用于表面扩散等动态过程的研究。
    3、扫描隧道显微镜可以观察单个原子层的局部表面结构，而不是对体相或者整个表面的平均性质，所以可直接观察表面的缺陷。表面重构，表面吸附体的形态与位置，以及由吸附体引起的表面重构等。
    4、扫描隧道显微镜配合扫面隧道谱可以获得关于表面电子结构的信息，比如表面不同层次的态密度。表面电子阱，电荷密度波，表面势垒的变化和能隙结构等。
    5、扫描隧道显微镜能够在常温，真空，大气等不同的环境下工作，甚至可以直接把样品浸在水和其他溶液中，不需要特别的制样技术，而且探测的过程对样品不会有损伤。这些优点非常适合用于研究生物样品和在不同实验条件下对样品表面的评价。
    6、利用扫描隧道显微镜针尖，可以实现对原子及分子的移动与操纵，这为纳米技术的全面发展奠定了基础。
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